Seit zwei Jahrzehnten setzt die UNESCO in ihrer weltweiten Arbeit zwei Prioritäten: die Förderung der Gleichberechtigung der Geschlechter und die Stärkung des afrikanischen Kontinents. Vor dem Hintergrund dieser Prioritätensetzung und der Neuausrichtung der Bundesregierung auf den afrikanischen Kontinent seit 2008 („Aktion Afrika“) hat die Deutsche UNESCO-Kommission eine verlässliche und langfristige Zusammenarbeit mit afrikanischen Partnern, insbesondere den afrikanischen UNESCO-Nationalkommissionen, aufgebaut.
Grundlage der Kooperation der Deutschen UNESCO-Kommission mit ausgewählten afrikanischen Nationalkommissionen ist eine 2008 gemeinschaftlich entwickelte Roadmap, in der die gemeinsamen Prioritäten festgehalten sind und die seitdem mehrfach angepasst und überarbeitet wurde. Ziel der Zusammenarbeit ist es, die Strukturen und Kapazitäten der einzelnen Nationalkommissionen zu stärken und gleichzeitig die Nationalkommissionen untereinander besser zu vernetzen. Sie sollen so dabei unterstützt werden, verlässliche Arbeitsbeziehungen und Vertrauen untereinander aufzubauen und damit den Frieden in der Region zu stärken. Schwerpunkte sind das östliche und südliche Afrika.
Darüber hinaus unterstützt die Deutsche UNESCO-Kommission afrikanische Nationalkommissionen durch die Zusammenarbeit in spezifischen Programmen. Dazu gehört insbesondere die Förderung von UNESCO-Biosphärenreservaten im südlichen Afrika. Dieses Programm führt die Deutsche UNESCO-Kommission seit 2017 mit Unterstützung des Bundesamtes für Naturschutz (BfN) und des Bundesministeriums für Umwelt, Naturschutz, nukleare Sicherheit und Verbraucherschutz (BMUV) durch. Von 2010 bis 2024 setzte sich die Deutsche UNESCO-Kommission für die Reduzierung der Jugendarbeitslosigkeit durch die Stärkung des Unternehmergeistes von Studierenden (Student Training for Entrepreneurial Promotion – STEP) ein. Während der COVID-19-Pandemie führte sie in den Jahren 2020 und 2021 ein Soforthilfeprogramm für UNESCO-Stätten in Afrika zur Bewältigung der dramatischen Folgen der Pandemie durch (#SOSAfricanHertitage).